پژوهشکده نانوفناوری فعالیت پژوهشی خود را از سال 1387 با جذب نیروهای تخصصی در رشته های نانو شیمی و نانو فیزیک آغاز نموده است. در این راستا، امکانات اولیه مرتبط با فناوری نانو در آزمایشگاههای این پژوهشکده تهیه و با اخذ مجوز پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد توانسته است به برخی از اهداف مورد نظر دست یابد. در ادامه کار، با تصویب هیات رییسه وقت دانشگاه ارومیه، اعضای اولیه این پژوهشکده در قالب یک گروه آموزشی در دانشکده علوم و سپس دانشکده شیمی به فعالیت های آموزشی و پژوهشی مشغول گردیده اند. هم اکنون این پژوهشکده با بهره گیری از تلاش همکاران محترم هیات علمی و با در اختیار داشتن امکانات مناسب خود و نیز بهره گیری از سایر امکانات موجود در بخش های مختلف سعی دارد تا حد امکان به اهداف متعالی خود دست یابد.